纪晓岚“学究天人，胸罗万象，所谓无书不窥，无技不绝”，不过学识虽高，却懒于著述。他曾经说：“吾自校理秘书，纵观古今著述，知作者固已大备，后之人竭其心思才力，要不出古人之范围。其自谓过之者，皆不知量之甚者也。”因此，他的个人著述很少。他对中华学术的最大贡献，是主持编纂成功了《四库全书》。
嘉庆九年(公元1804年)秋，纪晓岚偶染风寒，卧榻数日不起，身体虚弱无力，这是他一生所未有过的事，因此让在京的子孙们颇感吃惊，纷纷围绕在床前嘘寒问暖。一天，纪晓岚午睡，梦见行路时遭李戴拦截，不得前行。他醒来后回忆当年李戴死前在狱中喊过的话：“到了阴曹地府也要告你三状!”不由得心中一惊：莫非自己大限将至?于是将三子汝似、四子汝亿和几个孙子召至床前，对他们说道：“我以三十一岁入翰林，至今已历五十春秋，领纂四库书时，又得以遍读世间之书，人间的酸甜苦辣、艰辛险阻，可谓全然皆知。有几句话，你们要牢记于心。”话说到这里，纪晓岚顿了顿，然后吟诵道：“贫莫断书香，富莫入盐行;贱莫做奴役，贵莫贪贿脏。”吟完，他问道：“你们可曾铭记在心?”子孙们一一含泪应诺。
嘉庆帝得知纪晓岚患病，特命御医到纪府调治。不过这次得病，只是虚惊一场，纪晓岚不久又能上朝了。转年正月十六，纪府迎来一件大喜事–嘉庆帝颁下谕诏，命纪晓岚为礼部尚书、协办大学士，加太子少保，管国子监事。
二月十日，纪晓岚再次病倒。好友朱珪来看他时，他拉着朱珪的手说：“惊扰仁兄，且莫为我担心，还是老毛病，口中涌痰，朱公放心便是!”十四日，纪晓岚病势垂危，气息微弱，昏昏沉沉。掌灯时分，他从昏睡中醒来，精神异常兴奋，但自知此乃回光之兆，于是对一直守在他床边的汝似、汝亿说：“生老病死，乃人世之常理。为父已八十有三，即使毕命归天，也称得上是寿尽天年了。你们不要过于悲痛。丧葬之事，务求节俭。上次卧病，我要讲的话都说了。你们要记住，说给我的后世子孙，我也就放心了。”
汝亿的媳妇见公爹醒了，忙煮了碗莲子羹。汝亿接过来端在手里，用羹匙一匙一匙地喂给他喝。纪晓岚只喝了小半碗，就示意不喝了。他清了清嗓子，慢慢地说：“我想了一个对子，你们对对吧!”不等儿子们回答，他已吟出：“莲(怜)子心中苦。”说完他靠在床边闭上眼睛，汝似、汝亿看着父亲奄奄一息的样子，哪有心思对对子，但又不好违背，只好站在一旁不说话，佯作沉思。纪晓岚微微睁开眼，话音已越来越弱：“何不……对……对：‘梨(离)儿……腹……内……酸。’”说完便闭上了眼睛，与世长辞了。
嘉庆帝得此噩耗，立即派了散秩大臣德通带领10员侍卫前来祭奠，赏赐陀罗尼经被一条、白银500两治丧，赐谥“文达”。遵纪晓岚遗嘱，丧事办得非常简朴。随葬的东西，只有一串朝珠、一顶玉制帽盔和他的印盒、玉蝉等少许物件。