元天上帝黑令旗原称玄武旗，俗称黑令旗。
据《太上说玄天大圣真武本传神咒妙经》记载：真武大帝是太上老君第82化身，是仙界净乐国的善胜皇后之子。一天，善胜皇后梦见吞日，而后怀孕，经一十四月及四百余辰，降诞于王宫净乐宫。真武大帝长大后，辞去父母，入武当山修道，历42年功成升仙。玉皇大帝下诏，封为太玄，镇于北方。
民间传闻，元天上帝得道前进入武当山修道之时，途中经过溪边，看见一位单身无助的妇人正在痛苦生产，妇人请求元天上帝替她清洗一块生产使用的妊产布块。元天上帝心想既然已经立志修道，决不能再沾血污之物。但眼见妇人孤苦无援又不忍拒绝，恻隐之心人皆有之；元天上帝就以竹竿挑起妊产布块，放入河中来回漂洗。最后，元天上帝将妊产布块清洗干净，从河中挑出举起之时，神奇的是，妊产布块竟然变成了一面黑色令旗！
原来这位妇人乃是观世音菩萨所化，特来试探元天上帝的为人善根及修道决心。
据《道藏》《元洞玉历》记载，黑令旗就是由元始天尊专赐元天上帝下凡收伏六大魔王的黑旗令。
据《神武今鉴》《御赐匾额碑》记载，咸丰十一年间，陆丰碣石镇总兵官李扬升率领舟师前往广西梧州进剿逆匪，李总兵与逆匪大战之时，得到元天上帝显灵相助，突然狂风四起，天上黑旗纷纷排空而下。
众贼逆匪眼见神明显灵，神威显赫，心慌意乱，心寒而溃败于林总兵舟师。如此神威，李总兵更上谕皇帝感激神恩，为元天上帝颁发匾额，加荣封号。
同治年间，为表神恩浩荡穆宗皇帝亲赐“威宣岭表”匾额高挂玄武山元山寺殿堂，从此元天上帝黑令旗声名远播。
据传，当初元天上帝下凡除妖之时，三清特赐其披发跣足，金甲玄袍，左右龟蛇，手执黑令旗。
《元洞玉历》谓称：黑令一出，调兵遣将，降妖除魔，威力无穷，法力无边。元天上帝执用黑令之时，能够敕令赤黑二道灵光，同时遣调龟将 — 地轴太玄水精，育阳将军，黑灵尊神；蛇将 — 天阙太玄火精，命阴将军，赤灵尊神。
五营神兵与五营令旗，五营乃是受过历代帝王敇封的正神天将；分为东，西，南，北，中营。每一营都有各自所属不同兵马，不同颜色的令旗，分别为东方青龙，东营青旗，号称九夷军；西方白虎，西营白旗，号称六戎军；南方朱雀，南营红旗，号称八蛮军；北方玄武，北营黑旗，号称五狄军；中方麒麟（黄帝），中营黄旗，号称三秦军。
而五营中的，北营玄武黑旗共有天兵神将兵马五万五千五百五十五，北营玄武黑令旗，更是五营当中最为特殊象征着降妖除魔，永保平安，福泽人间的黑旗令。
元天上帝手握北斗七星剑，执黑旗，左右龟蛇二将，象征着天界人间正义之神，除妖魔，降鬼怪，护国安邦，恩泽全民，造福人间。
玄武上帝自宋朝，明朝及清朝因为避讳帝称，从此圣驾尊称为“元天上帝”。
如今的玄武黑令旗已是众多善信出门在外及高挂家门的镇邪，平安及正义之旗。