工程审计工作的开展对工程质量、投资效率、工期等有着重要的影响。那么在整个工程审计的过程中需要注意哪些要点呢？
核对工程量
核对施工工程量是工程审计的一个重要环节，工程量的计算由于计算规则多、工作量大，极易出现多算、重算或漏算的地方。实施审计时，应在熟练掌握工程量计算规则的基础上，熟悉施工图纸，全面了解工程变更签证单，以做到对整个工程的设计、施工有一个系统、全面、完整的认识，在计算时要重点审查有无多计工程量或者重复计算工程量的问题。
同时，对于投资比例较大的分项要认真审核，比如混凝土部分。对于一些容易混淆、出漏洞的地方要重点审核，比如建筑工程内外墙体的体积要按照实际来计算，扣除梁柱、门窗的体积，而在实际施工的过程中，施工单位往往是不扣或少扣梁柱、门窗的体积。还有就是防止出现钢筋混凝土梯形交接重复计算以及梁板柱交接部分钢筋的重复计等情况。
审核材料的用量及价差
材料量审核也是工程竣工决算审计的重要一环，材料用量的审核主要是涉及到了土建工程的三大主材，以及装饰工程、水、电、暖材料用量。由于市场材料价格不一且波动较大，因此材料价差的审核，特别是主材价差的审核更为重要，要认真审核材料的品种、规格、产地、质量是否符合设计标准和国家规范。材料价差应依照定额用量、实际消耗量和预算定额单价、实际单价分析计算，既不能遗漏，也不能重复计算。
变更工程的定额套用
在工程招标之后发生变更工程时，很多建设单位只是重视这个变更的事实，不去重视变更组价分析，从而忽略施工单位通过高套定额、重复套用定额、调整定额子目、补充定额子目来提高工程造价。在审核套用预算单价时，需要对结算中所列的工程项目的规格、计算的单位等要素进行审核，核对是否是和所套的这些定额相符，避免出现脱离招标文件所规定的条款现象。
此外为了保证工程造价的准确性，还要对于那些价高的、工程量比较大的或者是定额子目比较容易混淆的项目做重点的审核，比如如沥青卷材防水层、块料面层下找平层、预制构件中的铁件、属于建筑工程范畴的给排水设施等。对换算的定额单价的审核则要注意换算内容是否允许换算，允许换算的内容是定额中的人工、材料或机械中的全部还是部分，换算的方法是否正确，采用的系数是否符合计价规范要求等。
综上，工程审计具有很强的技术性、经济性、政策性和阶段性，作为审计人员需要不断加强理论学习，深入施工现场，进行市场调查，及时向有关权威机构咨询，才能有效地提高自身综合素质，确保审计质量。