《凰图腾》的结局是风萤因吃醉凝脂最后眼瞎了，彩蝶和段飞鸿离开了，风燕和皇上在一起了，最终当上了皇后，太后为皇上挡刀牺牲了。
皇上夜里再次在当初遇到风燕假扮嫦娥的小树林里行走，看到了一只玉兔，然而却已经物是人非了。风燕穿着嫦娥的衣服却突然出现，皇上看到很吃惊。风燕表示皇上放了自己走，却让自己明白心意有些不舍。
风燕回到宫殿里看着眼睛看不见的风萤，心疼了起来。 杜况找到了古籍发现了用羊玉脂洗涤可以降低醉凝脂的药效，风燕看到东西后知道了原来这一切都是彩蝶为了自己所做。
风燕给皇上表演舞蹈，而尚服云芝突然抽出了利剑想要害死皇上，太后急忙挡下中了剑倒在了皇上的怀里。皇上看到为了自己所做一切的太后也不禁哭了起来。太后逝去，风燕怀有了身孕诞下了太子。皇上因为给太后守孝三年才册封了风燕为皇后。
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