电影《源代码》讲述了一位阿富汗战争幸存下来的军人上尉，说是幸存，其实他只有上半截身躯，以及部分能够运转的大脑。在科技手段的维持下，他能重返过去8分钟。这情节有点像电影《少数派报告》一样，通过科技，提前去左右某件事情的后果。
通过源代码，这位上尉被派到一辆列车上寻找装炸弹的恐怖分子、拯救列车上的无辜乘客。刚开始，这位上尉以为自己还是军人、还健康的活着。但在每次重返过去的8分钟里，他都知道列车上的一些信息，比如炸弹的位置所在、以及谁是恐怖分子。与此同时，他也逐渐了解到了自己的身体状况、以及自己为什么以另一个身份出现在这趟列车上。
因为他每次重返过去的时间只有8分钟，而找到炸弹和恐怖分子所需的时间远不止于此，期间他要克服重重困难。所以炸弹每爆炸一次，他都需要重新启动，而这种启动会让这位上尉受尽折磨。但为了和自己的父亲通一次电话，为了拯救其他无辜的人，包括他在列车上遇到的一位美女。这位美女在他重返的时间里，为了救他而被恐怖分子杀害过。
恐怖分子用炸弹来夺走人的生命，一次次重返时的爆炸，都强调了他们的可怕。而影片也饱含反战思想：即战争让人类的生命受尽摧残。如果没有战争，这位上尉也不会只剩下一个残缺的身体，也不会用源代码去续命。可见，人生无常。
电影里，上尉问，如果生命只剩下一分钟，你要拿来干什么？相比列车上匆忙、焦虑、愁眉苦脸的乘客，上尉希望更快乐地去面对生活与死亡。他在最后的机会里，去给自己的父亲打了电话、向他的父亲致歉。在最后的一分钟里，他拥吻了他喜欢的人。并且列车上的人们，也因为上尉的安排开怀大笑，仿佛一切都是最好的模样。
最后的结局是源代码比想象中的还要强大，上尉成功地阻止了恐怖袭击、拯救了无辜的人们，并且以正常人的方式活了下来，这跟电影《阿凡达》有点像。他不仅仅是重返过去8分钟，而且能够活在现实世界里。他将等待着下次命令，造福人类。
