第556―558集,冲矢昴登场,真实身份FBI搜查官赤井秀一;公寓火灾后冲矢昴被柯南安排住进工藤家,暗中保护灰原哀。
第562―563集,怪盗基德瞬间移动的魔术。
第570―574集,死罗神事件,柯南第三次恢复身体。
第588―589集,怪盗基德VS最强金库。
第593―594集,鱼儿消失的一角岩事件,冲矢昴开始展示推理能力。
第609―611集,诸伏高明 大和敢助等长野县警官登场。
第614―615集,银行抢劫案;伤疤赤井秀一登场,引起朱蒂注意。
第629―632集,目标篇;伤疤赤井秀一再次登场,实际上是波本假扮,行动试探FBI探员。引起琴酒的注意,准备枪杀水无怜奈和狙击伤疤赤井,被贝尔摩德解释清楚。
第634—636集,白鸟警官与小林老师的恋爱剧情。
第638集,怪盗基德VS四神侦探团。
第667―672集,伦敦篇;柯南第四次恢复,在英国伦敦遇到案件,自称“福尔摩斯的弟子”,并在大本钟下向小兰表白;世良真纯和玛丽前往日本寻找柯南。
第673—674集,灰原哀感受到冲矢昴的组织气息。
第678―679集,怪盗基德的龙马宝物攻防战。
第697―698集,世良真纯登场,转入帝丹高中。
第702―707集,毒恨篇;世良真纯打听工藤新一的事引起柯南注意,将消息告诉服部平次。FBI安德烈卡迈尔见到世良真纯感觉她很像某个人。
第708―709 集,冲矢昴窃听柯南和阿笠博士,得知柯南的真实身份。
第719—720集安室透登场,组织代号:波本; 拜毛利小五郎为师,在侦探所隔壁咖啡厅打工。
第722―726集,夜想篇;安室透和世良真纯 冲矢昴救下柯南,获取小五郎信任。小五郎将电脑密码5563告诉安室透。
第727—728集,灰原哀怀疑冲矢昴是诸星大。
第733—735集,安室透与高木警官已去世的师父伊达航有关系。
第751―752集,灰原哀第二次恢复身体,引起安室透和冲矢昴注意。
第753—756集,列车篇;有希子和贝尔摩德见面,琴酒和伏特加准备炸掉车站,冲矢昴救下世良真纯和灰原哀,安室透身份揭晓,怪盗基德救场,雪莉被报告死亡。
第757—758集,安室透依旧在隔壁咖啡厅打工,并看见了柯南使用麻醉针。从此,安室透开始怀疑柯南身份和“沉睡的小五郎”。
第774―775集,安室透开始展示高超的推理能力。
第776―777集,怪盗基德盗窃赤面人鱼。
第779—780集,小兰回忆自己似乎在以前见过世良,看见世良的背影总是能想起波浪。
第783―784集,“太阁名人”羽田秀吉首次登场。
第786―787集,柯南向朱蒂通风报信,安室透和贝尔摩德一起行动,窃听对话。
第797―800集,怪盗基德VS京极真。
第807―808集,红衣女事件;世良真纯告诉柯南 小兰 园子她还有位二哥,她们是三兄妹并且姓氏不同。
第809集,世良•玛丽首次出现,照片在世良真纯的手机上显示。
第812集,世良真纯告诉柯南 小兰 园子,她曾经去过美国,回国后准备前往二哥那里居住被拒绝,父亲的朋友又提供给她豪华酒店居住;他们前往世良真纯居住的酒店去玩,遇到杀人案,柯南趁机安装窃听器。
第813集,世良•玛丽识破柯南的阴谋,让世良真纯告诉柯南她是“领域外的妹妹”。
第816―817集,柯南向灰原哀通风报信,领妹的事情。
第823―824集,柯南得知安室透的第二个代号“零”;安室透得知楠田陆道可能是开枪自杀,称呼柯南为“隐藏在天真下的魔爪”。
第832—836集,绯色篇;赤井秀一假死计划暴露;安室透真实姓名降谷零,日本公安卧底身份揭晓,开始调查楠田陆道自杀的手枪;朱蒂、卡迈尔得知赤井秀一还活着,水无怜奈发来短信组织二号人物朗姆开始行动。贝尔摩德是boss的某种特殊关系。(日本公安加入与黑衣组织的对决)
第838―839集,羽田秀吉再次登场,知道大哥赤井秀一没死。世良真纯不知道羽田秀吉是著名将棋手,世良真纯和领妹都以为赤井秀一死了。
第845—846集,柯南得知朗姆的外形特征,有只眼睛因事故换成了义眼。
第865―867集,大和敢助的左眼受伤,疑似朗姆;黑田兵卫在长野县登场。
第868集,安室透的调查,被琴酒盯上。
第891―892集,苏格兰登场在回忆,成为赤井秀一和安室透的怨恨;柯南得知世良真纯是赤井秀一妹妹。
第904―905集,羽田秀吉输掉比赛,和女朋友通话中提到自己义兄羽田浩司。灰原哀听到这个名字,想起组织死亡名单也有羽田浩司,把这件事告诉了柯南。
第916―917集,柯南和灰原哀 冲矢昴开始在网上调查羽田浩司案,破解暗号得知嫌疑人是浅香和组织二号人物朗姆,资产家阿曼达和羽田浩司一起死去,浅香是她的保镖;冲矢昴告诉柯南,羽案是让他加入FBI的重要案子,和他父亲有关。
第918―919集,柯南继续调查羽田浩司案,小五郎 世良真纯和领妹也有调查。琴酒盯上沉睡的小五郎。
第921―922集,苏格兰自杀原因揭晓,柯南和冲矢昴来演唱会调查羽田浩司案,降谷零和贝尔摩德也来调查。
剧场版20,纯黑篇;库拉索前往公安内部找卧底名单,得知赤井秀一还活着被狙击轮胎,失忆流落东都水族馆;风见警官登场;组织成员司陶特 阿夸维特 威士莲被杀,柯南和赤井秀一救下降谷零和水无怜奈;最后,赤井秀一和降谷零 柯南吊打琴酒直升机,库拉索牺牲。
第933―934集,世良真纯开始向柯南一点点的暗示。
第936―937集,涟漪篇;柯南终于想起来,十年前在英国海滩边玩见过世良一家;柯南得知领妹是世良母亲“玛丽”,“太阁名人”羽田秀吉是世良二哥;十年前的赤井秀一准备前往美国加入FBI,提及赤井武务。
第940―941集,大冈红叶与伊织无我首次登场;大冈红叶自称是服部平次的未婚妻。
第944―945集,帝丹小学新老师若狭留美登场,开始一步步试探柯南。
第949―950集,胁田兼则登场,刻意接近小五郎,还有一个义眼,十分诡异。
第951―952集,若狭留美武力拯救侦探团,上了新闻。引起胁田兼则的注意,她俩似乎认识。难不成是传说中的朗姆和浅香。
第964―965集,黑田兵卫也在调查羽田浩司案,并和若狭留美见面。若狭留美似乎见过黑田兵卫。
剧场版22零的执行人,揭晓黑田兵卫是降谷零上级。
第971―972集,剑道大赛;冲田总司首次登场,撩小兰引起柯南不满;大冈红叶和伊织无我第二次登场。
第980―981集,柯南获得灰原哀信任,风见警官第一次在TV版登场。
第982―985集,柯南第五次恢复,参加京都修学旅行遇上案件,破解案件后和小兰亲吻,开始正式交往。世良和领妹也开始行动。
第998―999,修学篇;工藤新一出现在清水寺暴露,引起轰动。最后,工藤优作和有希子回国帮忙解围,并解开羽田浩司案的真正暗号,乌丸。柯南推理出乌丸莲耶,疑似组织大boss。有希子和工藤优作开始留在日本帮助柯南。朗姆盯上工藤新一,让降谷零搜集情报。